原作ライトノベルは中高生を中心に絶大な人気を誇り,テレビアニメも大好評の「灼眼のシャナ」。初映画化となる本作では,原作小説の第1巻を基に,主人公の悠二と少女シャナとの出会いや,異世界から来た化け物?紅世の徒との戦いの始まりを描く。高校生の悠二は,人の“存在”を灯りに変えて喰らう化け物?紅世の徒に襲われたところを,紅蓮の髪と眼を持つ謎の少女に救われる。しかし彼は,自分がすでに“存在”していないことを知らされ……。