2028年的冬季开始出现战后复兴的征兆，但是围绕国外垄断企业的权利却爆发了激烈的示威游行活动。纽泊特城发生了负责维护秩序的机动部队射杀示威者的恶性事件，但其实这全都是由于电脑病毒导致的。草薙素子率领的独立攻性部队想要平息事态。后来发现与这件事相关的“铁人少女”艾玛和“稻草男”布里达朱尼亚。追查事件的草薙素子终于查到了他们想要的东西……